Można by doszukiwać się 2 możliwych interpretacji:
a) marszałek nie ma prawa wchodzić w kompetencje organu uzgadniającego i jest związany stanowiskiem (lub jego brakiem) wójta/burmistrza/prezydenta,
b) marszałek takie prawo ma.
Ad a - przejrzałem dostępne mi komentarze do KPA, ale nie znalazłem odpowiedzi na powyższe pytanie. Większość komentatorów wskazuje jednak jednoznacznie, że w przypadku uzgodnienia organ prowadzący postępowanie jest związany stanowiskiem organu uzgadniającego, z czego można byłoby wyinterpretować i taki wniosek, że nie może się sprzeciwić pozytywnemu uzgodnieniu (w materii, jaka jest przedmiotem uzgodnienia, a więc w zakresie nienaruszania mpzp lub studium).
Ad b - art. 7 PGG adresowany jest do wszystkich - i w takiej mierze można byłoby wysuwać pogląd o tym, że i organ koncesyjny - niezależnie od organu uzgadniającego - badałby wniosek koncesyjny pod kątem art. 7 PGG.
Skłaniając się ku tradycyjnej szkole, wedle której organ byłby związany uzgodnieniem, należałoby uznać, że skoro gmina przegapiła termin - to organ koncesyjny będzie "pozytywnym milczeniem" (czyli pozytywnym uzgodnieniem wskutek milczenia - zob. art. 9) związany.